La Navicelli di Pisa (oggi Port Authority di Pisa) è stata costituita nel 1982. Inizialmente la compagine societaria era formata da un capitale misto a
maggioranza pubblica: Comune di Pisa, Provincia di Pisa e Camera di Commercio, Industria ed Artigianato di Pisa
costituivano i soci pubblici ed avevano una quota azionaria pari al 22,9% ciascuno, mentre le restanti quote
appartenevano ai soci privati.
Dal 1982 è in vigore una convenzione, tra la Società e il Comune di Pisa, avente per oggetto l’affidamento dell’organizzazione, gestione e sviluppo dei servizi portuali e della navigazione nel porto interno di Pisa e lungo il canale navigabile Pisa-Livorno. La convenzione, più volte rinnovata nel tempo, è stata stipulata a seguito dell’entrata in vigore della L.R. n. 37 del 22 maggio 1982, relativa alla delega al Comune di Pisa, limitatamente all’idrovia di seconda classe, canale navigabile Pisa – Livorno, dell’esercizio delle funzioni amministrative in materia di vie d’acqua navigabili, trasferite dallo Stato alle Regioni con D.P.R. 616/77.
A seguito dell’introduzione dall’art. 13 del D.L. n. 223/2006 convertito con Legge n. 248/2006, non sarebbe stato possibile il rinnovo della Convenzione da parte del Comune di Pisa, ancora in regime di proroga, avente ad oggetto la gestione dei servizi relativi al Canale dei Navicelli e pertanto da inquadrare nel novero dei cosiddetti affidamenti “in house”, se la Società non fosse divenuta a totale capitale pubblico. Pertanto, il 31 Gennaio 2008, si è riunita l’Assemblea Straordinaria dei soci della Società, la quale all’unanimità ha deliberato l’uscita dalla compagine societaria dei soli soci privati mediante il ritiro e l’annullamento, secondo i termini di legge, delle azioni di cui gli stessi erano titolari, facendo in tal modo rimanere solo ed esclusivamente gli azionisti pubblici : Comune di Pisa, Provincia di Pisa e Camera di Commercio, Industria ed Artigianato di Pisa.
Il 9 febbraio 2018, la Società ha cambiato ragione sociale: da Spa Navicelli di Pisa a Navicelli di Pisa Srl, con il Comune di Pisa unico socio.
Il 9 febbraio 2022, la Società ha cambiato denominazione sociale in Port Authority di Pisa Srl.
